En la Edad Media Villafer disponía de un templo donde se veneraban reliquias sagradas. “En 1182 don Lope, freire del hospital de San Juan, entregaba al obispo de Oviedo la tercera parte de los diezmos de la iglesia de San Juan de Villafer, en el arcedianato de Benavente. La iglesia había sido construida por Saurio, arcediano de Benavente, en fechas anteriores, dotándola de las inevitables reliquias” Rafael González Rodríguez. “Monasterios, caminos de peregrinación e infraestructura viaria en el norte de Zamora”. Villafer ayudó con  rentas a la construcción de la Iglesia de San Juan del Mercado de Benavente en el año 1182.

En el siglo XI se produjo la renovación en los grandes linajes nobiliarios castellanoleoneses debido a que la vieja nobleza mostró síntomas de agotamiento. Los campesinos eran el grupo social más numeroso pero también el más heterogéneo. Durante los siglos XIII y XIV el Concejo de Benavente (la villa y su alfoz constituían su marco territorial y jurisdiccional como hemos señalado anteriormente) desarrolló una poderosa organización, que tras el triunfo de Enrique II dio paso al fortalecimiento de la nobleza feudal. Así Benavente y su alfoz cayó en las redes del régimen señorial y perdió buena parte de su independencia; en 1374 la villa fue entregada  como ducado a D. Fadrique hasta que fue privado de sus dominios por Diego López de Zúñiga, de esta manera el Concejo de Benavente volvió a la corona;  posteriormente  Enrique III Trastámara cedió la villa a su mujer, doña Catalina de Lancáster. Poco después el rey revocó la donación y concedió en 1398 el Concejo, a título de condado al noble portugués Juan Alonso Pimentel: comenzó el señorío de los Pimentel. En 1473 Enrique IV  otorgó el título de duque a Rodrigo Alonso Pimentel; a partir de ese momento los titulares combinaron ambos títulos nobiliarios (foto 17). Villafer tuvo los mismos dueños que el resto del Concejo de Benavente.

Desde el siglo XIII el Concejo de Benavente se encontraba dividido en seis Merindades, (ver Merindades del Concejo de Benavente aquí) al frente  de cada una estaba un merino (oficial concejil que ejercía la jurisdicción en su territorio y sus atribuciones y competencias se centraban en la administración de justicia y el cobro de rentas (Ver Impuestos y Colonización aquí); debía vigilar el cumplimiento de las ordenanzas y acuerdos municipales y que los pesos y medidas fuesen correctas) dependiente del Concejo. Cada merindad se encontraba compuesta por un número diferente de lugares o aldeas. La Merindad de “Allende el río” estaba formada por doce aldeas: Bretó, Santovenia, Valle, Santa Elena, Villaveza del Agua, Barcial, Castropepe, Castrogonzalo, San Miguel, Belvís, Villafer y Campazas (ver mapa 7).

En el plano económico y en el jurídico-administrativo se dieron conflictos de intereses entre la Villa (Benavente) y sus tierras (Merindades)ya que la cabecera del Concejo recibía la mayor parte de las rentas. Según esa sociedad estamental, el grupo dominante controlaba el poder político y tenía atribuciones jurisdiccionales, económicas y sociales, exenciones o reducciones fiscales;  es decir se dan unas relaciones de naturaleza señorial.